Установки нанофильтрации используются для снижения содержания органических веществ, цветности, сульфатов, хлоридов, фторидов, бактерий и вирусов. Могут также использоваться, как преимущество, для умягчения воды частичного потока.
Нанофильтрация, как мембранная технология, обычно применяется для подготовки питьевой и технической воды